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上五島地域で旧石器時代、縄文時代、弥生時代の遺跡が発見されていることから、これらの時代から人類が生活を営んでいたと推測されています。平安時代には遣唐使船の寄港地にもなるなど、大陸交流の拠点として栄えました。江戸時代、幕府の厳しい弾圧によって信仰を隠さなければならなかったキリスト教徒が、新天地として移住した場所でもあります。

カトリック教会や寺社をはじめとして、地域内には多くの遺跡や文化財が残っています。上五島神楽や青方念仏踊り、捕鯨の伝統を伝える鯨唄や羽差踊り等の郷土芸能、弁財天などの伝統行事等が継承され、独特の地域文化を形成しています。

明治22年4月1日に町村制が施行され、上五島地域は若松村・日ノ島村・青方村・浜ノ浦村・魚目村・北魚目村・有川村・奈良尾村の8村で構成されていました。昭和に入って、青方村・有川村・奈良尾村がそれぞれ町制を施行し（青方町、有川町、奈良尾町）、また、全国的に市町村合併が促進され、「昭和の大合併」と呼ばれた昭和30年代には、上五島地域でも合併が進み、若松村と日ノ島村が若松町に、青方町と浜ノ浦村が上五島町に、魚目村と北魚目村が新魚目町にそれぞれ合併しました。

そして、平成16年8月1日、5町（若松町、上五島町、新魚目町、有川町、奈良尾町）が合併して新上五島町が誕生し、現在に至っています。

平成27年の国勢調査における人口は19,718人で、年齢3階級別人口の割合は、14歳以下が10.4％、15～64歳が51.9％、65歳以上が37.7％となっています。また、この調査における世帯数は8,996世帯であり、一世帯あたりの人員は2.19人となります。

新上五島町の総人口は、平成17年の25,039人から平成27年の19,718人と10年間で5,321人の減少となっています。